Sau khi tiêm BCG, trẻ sẽ có phản ứng, tại nơi tiêm có thể loét to kéo dài hoặc thành một áp-xe. Theo dõi trẻ khoảng 3-4 tuần sau khi tiêm sẽ thấy có một nốt sưng nhỏ, 10-15 ngày sau sẽ rò dịch vài tuần rồi kín miệng, làm vảy. Khi vảy rụng sẽ để lại một sẹo nhỏ tồn tại trong nhiều năm (sẹo BCG).

      Theo thống kê của Bệnh viện Phổi Trung ương và Chương trình tiêm chủng mở rộng, có khoảng 10-20% trường hợp nốt loét có thể to hơn (đường kính 5-8 mm), làm mủ và kéo dài 3-4 tháng. Ở một số trẻ, nốt loét có thể kéo dài trên 4 tháng mới đóng vảy và liền sẹo. Trong những trường hợp này, có thể dùng bột INH rắc tại chỗ. Cần giữ sạch vết loét để tránh bội nhiễm, sẽ làm cho việc điều trị trở nên phức tạp.

      Biến chứng hay gặp sau khi tiêm văcxin BCG là nổi hạch (hay còn gọi là viêm hạch lympho - viêm hạch mủ), tỷ lệ dưới 1%. Ở những trường hợp này, một cục hạch sẽ nổi lên ở nách trái trong một hay vài tháng (thường là trong 6 tháng sau khi tiêm), vì thường tiêm ở vai trái hoặc ở hố trên đòn. Hạch này mềm, di động, sưng chậm, sau đó vỡ, có thể rò kéo dài trong vài tháng rồi lành tự nhiên. Bởi vậy, các bà mẹ cần phải phân biệt đây không phải là lao hạch. Đối với hạch mủ, điều trị bằng cách chích, rồi rửa sạch, rắc bột INH tại chỗ.

     Có trường hợp bị nhiễm bệnh do trực khuẩn dùng để sản xuất văcxin BCG hoặc viêm xương (rất hiếm gặp, ở Việt Nam chưa phát hiện trường hợp nào).

     Trẻ em được tiêm phòng lao bằng BCG có thể tránh được các thể lao nặng như lao kê, lao màng não. Nhưng dù đã tiêm phòng lao, ở thời kỳ chưa có miễn dịch, các bà mẹ vẫn không nên để trẻ tiếp xúc với nguồn lây. Khi đã có miễn dịch rồi cũng hết sức hạn chế, không để trẻ cùng sống hay tiếp xúc với người ho khạc ra vi khuẩn lao, đồng thời tránh các bệnh nhiễm khuẩn khác làm suy sụp miễn dịch lao.